Batalla judicial y unificación de doctrina por el Tribunal Supremo

La negativa del Gobierno Español a aceptar la "objeción de conciencia" a la asignatura llevó a algunos padres a recurrir a los tribunales superiores de justicia de sus comunidades autónomas, con resultado desigual.
Los tribunales superiores de justicia de Cataluña y Asturias rechazaron la posibilidad de la objeción al considerar que ni la regulación jurídica ni los contenidos de la asignatura vulneran los derechos fundamentales recogidos en la Constitución. El de Baleares dictaminó que esta materia "no incide en valores religiosos sobre posiciones morales o ideológicas".También, el Tribunal Supremo de Cantabria resolvió negar la objeción de conciencia.
Por el contrario, el de Andalucía admitió a trámite en marzo de 2008 el recurso presentado por cinco particulares contra la asignatura. En mayo de 2008, el Tribunal Superior de Justicia de Navarra rechazó suspender cautelarmente la obligatoriedad de la asignatura.El 28 de enero de 2009 el Tribunal Supremo, tras dos días y medio de deliberaciones, unificó doctrina dictaminando en contra de la objeción a la asignatura por una amplia mayoría de 22 votos a favor y 7 en contra.